纪念馆总面积为1628平方米，采用展墙、展版、展柜、液晶彩电、灯箱、触摸屏计算机及投影等多种展示手段，生动形象地展示了拉贝及国际安全区成员的感人事迹。开放后的拉贝与国际安全区纪念馆分为以下展区：

庭院展区

(1)围墙上有l4个橱窗图片展，展出拉贝、贝德士、费奇、米尔士、马吉、里格斯、史波林(史佩林)、史密斯、华群(魏特琳)、威尔逊、福斯特、麦考伦辛德贝格以及卡尔·京特等国际安全区成员及其他国际救援人员简介及拉贝与国际安全区纪念馆成立十周年；

(2)在小楼南边偏东位置的草坪是上，安置着一座半身青铜像，塑像由南京大学雕塑研究所的吴为山教授设计，底座上刻着“约翰·拉贝l882—1950”字样。“拉贝”戴着一副宽边眼镜，打着领结，微皱着眉头，似乎在沉思；

(3)在拉贝故居院子的西南角有个模拟拉贝当年自己在院子里设计的防空洞。这个模拟的防空洞仿佛再现了日军飞机空袭时，保护南京难民的情景。

主楼展区

展示300多张珍贵照片、50多件史料实物和多套录像。一楼展示拉贝生平事迹、国际安全区、拉贝日记以及拉贝故居等内容；二楼展示中德友好合作方面的内容。

附楼展区

附楼有一个录像放映厅，可容纳40～50人就座，供参观者观看有关拉贝的录像和组织研讨。